Por aire, los dos aeropuertos internacionales que ofrecen más opciones para llegar a Atlantida son el Aeropuerto de San Pedro Sula (SAP) y el Aeropuerto de Roatan (RTB). El Aeropuerto Internacional Toncontín (TGU), en Tegucigalpa ofrece una tercera opción, pero su conectividad hacia a Atlántida es limitada. Sin duda la opción más sencilla es San Pedro Sula, ya que este aeropuerto cuenta con la mejor conectividad aérea en Honduras. El aeropuerto de San Pedro Sula está a 85 kilómetros de Tela y a 185 km. de La Ceiba, por medio de una carretera que se encuentra en buen estado, la carretera CA13. Desde el aeropuerto de San Pedro Sula se puede elegir entre volar al aeropuerto internacional Golosón en La Ceiba, o tomar un autobús desde San Pedro Sula a Tela o La Ceiba. De hecho, una compañía de autobuses que ofrece servicio a Tela y La Ceiba cuenta con una oficina en el aeropuerto Internacional de San Pedro Sula. El Aeropuerto de Roatan tiene varias frecuencias semanales con vuelos directos, los cuales se pueden utilizar para llegar y moverse en Atlantida. Desde el Aeropuerto de Roatan se puede llegar fácilmente a La Ceiba,  Atlantida volando al aeropuerto Golosón (LCB) en La Ceiba. De hecho, La Ceiba cuenta con su propio aeropuerto internacional, el cual lastimosamente en estos momentos tiene poca conectividad, la cual está limitada a dos vuelos semanales desde Gran Caimán, así como algunos vuelos de fletamento o “charter” desde Toronto y Montreal en Canadá durante el invierno. También es importante mencionar el hecho de que la pista aérea de Tela está en proceso de total renovación, y que se espera que los trabajos estén finalizados antes del fin de mayo del 2015. Es importante mencionar que en Tela existe un aeródromo que está siendo reparada y que estará totalmente funcional a partir de Mayo del 2015. Sin embargo, los vuelos internacionales tendrán que primero pasar por alguno de 4 aeropuertos internacionales de Honduras (Tegucigalpa, San Pedro Sula, Roatan o La Ceiba) antes de poder aterrizar en Tela.

Por tierra, Atlántida es fácilmente accesible desde San Pedro Sula y Tegucigalpa. De hecho, hay varias empresas que tienen servicio directo a Tela y La Ceiba desde Tegucigalpa, y otras que tienen conexiones disponibles desde otros centros turísticos en Honduras, tales como Santa Rosa de Copán, Copán Ruinas y Siguatepeque, así como conexiones internacionales desde Antigua Guatemala y Ciudad Guatemala, via San Pedro Sula.  Varias de ellas cuentan con servicio ejecutivo plus de primera clase, haciendo el viaje con total comodidad.

Por mar, Atlántida está conectada por una serie de rutas marítimas que operan todos los días entre las islas de Roatán y Utila con La Ceiba. La frecuencia de estas rutas es de dos salidas diarias cada una, una por la mañana y la otra por la tarde. Así, es muy fácil combinar una visita a Atlántida con su visita a las Islas de la Bahía.

Una vez en Atlántida, circular dentro de la ciudad de Tela o La Ceiba es muy sencillo, y los taxis son abundantes y además económicos. También existen varios tour operadores que le pueden ofrecer servicios de transporte desde estas dos ciudades hacia los puntos de interés turístico así como entra ambas ciudades. De hecho, estas empresas turísticas también le pueden ofrecer el servicio de recepción en el aeropuerto de San Pedro Sula y trasladarlo ya sea a Tela o La Ceiba.